A inicios de 1997, se desarrolla el Proyecto GEF de especies invasoras para la erradicación de roedores y chivos en la Isla Isabela. El proyecto fue ejecutado por PNUD, con una duración de 9 años concluyendo en 2006. Mostrando resultados parciales en la erradicación de ciertas especies. Una de las principales dificultades de este proyecto fue su sostenibilidad financiera, llevando a que uno de los principales componentes se centre en esta problemática.

En el año 2007, la UNESCO declara a Galápagos como Patrimonio en Riesgo, dando lugar a la elaboración del Plan de Control Total. Este documento estudió la política pública ante el pleno del Consejo del Instituto Nacional Galápagos INGALA, donde se reunieron un grupo de científicos y analistas financieros para dictaminar las actividades a seguir en la política de manejo de especies invasoras. En consecuencia, en el mismo año, se suscribe un acuerdo Tripartito de Cooperación entre el Ministerio del Ambiente, El Fondo Ambiental Nacional FAN (ahora FIAS) y el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo, dando lugar a la creación del Fondo para el Control de Especies Invasoras de Galápagos (FEIG).