Las líneas de acción del FEIG son:
- Prevenir, controlar y erradicar especies introducidas en Galápagos.
- Restaurar los ecosistemas afectados.
- Educación y comunicación.
Los proyectos e iniciativas financiadas por el FEIG, se alinean a las siete estrategias del Plan de Manejo de Especies Invasoras de Galápagos:
- Bioseguridad
- Manejo de Especies Invasoras Prioritarias
- Restauración
- Salud
- Sistemas de Gestión de Información
- Comunicación, Educación Ambiental y Participación para el Manejo de Especies Invasoras.
- Fortalecimiento Institucional para el Manejo de Especies Invasoras